工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛...

秋高气爽，清爽时节柯南、毛利小五郎、目暮警官、阿笠博士、小兰等十几人受邀来到白鸟警官位于轻井泽的别墅度假。家境富裕的白鸟警官是一个葡萄酒收藏家，他的别墅内专门有贮藏各种名贵葡萄酒的酒窖。在参观过酒窖之后，众人开始各自行动。元太三个小孩在别墅内探险，小兰和柯南、平次、和叶在别墅周围散步。这里勾起了小兰和柯南往事的回忆。 天色将晚，众人纷纷返回餐厅，正当他们准备共进晚宴之时，却发现白鸟收藏的1961年...

某天早晨，柯南（高山南 配音）被阿笠博士（绪方贤一 配音）叫到了棒球场此时厂商正在进行一场小学生之间的棒球赛，分属GUTS和TRYS两队的青梅竹马美苗（野中蓝 配音）和阿明（宫田幸季 配音）相互对抗。柔弱的美苗被阿明轻松击败，落寞的美苗不慎被什么东西绊倒，原来是一根半没于地下的球棒。阿笠博士说这是名将松井秀喜的球棒，传说能拔起它的将获得极高的棒球天赋。赛程过半，美苗的球队落后，她将责任都归到自己身...

在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。 狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探...

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。 他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去...

帝丹高中即将为义演排演舞台剧，一向积极的铃木园子自告奋勇担当主演和编剧的任务她写了一个杀人事件的剧本，准备把自己塑造成推理超强、魅力十足的女主角。故事讲述专横跋扈的新闻周刊社长大下武男独处一室的时候被人杀害，与他素有过节的职员东田直也、南泽淳平、西岐荣子和北野强成为主要嫌疑人。这本是一出悬疑刺激的推理剧，但是园子却始终不能为剧中关键的线索找到合理解释，创作顿时遭遇瓶颈。她求助小兰和少年侦探团的伙伴...

某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险...

由于委托很少，毛利侦探事务所门可罗雀，小兰不得不精打细算，小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光某日，小五郎收到一件神秘包裹，却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时，一通神秘电话打入事务所，柯南接听，却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心，而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似，于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去，终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话...

老师给小学生们留了作业，让他们考察周边的店铺，并整理店家的业务性质和工作内容元太、灰原等人各抒己见，却始终没有统一的决定。最终光彦灵机一动，提议以少年侦探团的名义来采访毛利小五郎。侦探团的少年们童言无忌，口无遮拦，提出各种各样奇奇怪怪的问题，令小五郎实在难以招架。危急时刻，小五郎借口逃遁，而光彦、元太、步美、哀众人锲而不舍，小心翼翼尾随小五郎的身后，柯南也不得以跟随他们行动。粗心的大侦探只顾监视一...

春天的某日，柯南和小兰受服部平次和远山和叶的邀请，再一次来到大阪城观光原本平平常常甚至有些无聊的行程，却因为三个少年的出现而变得乐趣横生。他们是江坂茧美、八木干彦和大泽健太，无论外貌还是长相都与远在东京的步美、光彦和元太极其相似。少年们找到平次，拜托他帮忙找出失踪的伙伴小智。柯南实在受不了平次安排的枯燥行程，于是答应了少年们的请求。众人经过一番推理，决定先从线索之一的大阪环线入手。平次在电车上无意...