故事发生在位于东京都的音乃木坂学院中，经济不景气，人口老龄化等等的社会问题让这所学校的招生成为了难题找不到学生，学校只能关门大吉，就在这时，九名少女站了出来。这些对学校感情极深的少女们决定，要为了保护学校不被废校而做出努力。活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温 文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长...

1983年，受到异星起源种·BETA侵略的东德，被拖入了令人绝望的消耗战中在这样的战况中，テオドール·エーベルバッハ少尉所属于被称作东德最强部队的第666战术机中队“黑之宣告”，他不相信祖国与他人，只为了自己能够生存下来而作为卫士投身于战斗中。有一次テオドール为了拯救在战场中孤立无援的战术机而和中队长アイリスディーナ·ベルンハルト大尉一同出击。但是当得知救出来的卫士是西德军的カティア·ヴァルトハイ...